O Atenas encontra-se numa zona central da Alta da cidade, área classificada como Património mundial da UNESCO. Localizado na Rua Lourenço de Almeida Azevedo, está junto ao famoso Jardim da Sereia (Parque de Santa Cruz) e a poucos passos da Praça da República, ponto nevrálgico da vida académica.

Instalado num edifício antigo mas preservado, o estabelecimento fica situado ao fundo da escadaria que dá acesso à Escola Secundária José Falcão, está próximo da Pousada da Juventude de Coimbra e do IPJ, mesmo ao lado da Maternidade Bissaya Barreto.